El seguimiento de las variantes de virus en los EE. UU. Mejora después de un inicio lento

Después de un comienzo lento, Estados Unidos ha mejorado su sistema de vigilancia para rastrear nuevas variantes de coronavirus como Omicron, aumentando su capacidad con decenas de miles de muestras por semana desde principios de este año.

Los virus evolucionan constantemente. Para encontrar y rastrear nuevas versiones del coronavirus, los científicos analizan la composición genética de una parte de las muestras que dan positivo.

Están buscando las letras químicas del código genético del virus para encontrar nuevas variantes preocupantes, como omicron, y para seguir la propagación de variantes conocidas, como delta.

Es un esfuerzo global, pero hasta hace poco tiempo Estados Unidos contribuía muy poco. Con pruebas descoordinadas y dispersas, Estados Unidos ha estado arreglando la secuencia Menos del 1% de las muestras dieron positivo a principios de este año. Ahora, esas pruebas se realizan entre el 5% y el 10% de las muestras. Esto está más en línea con la secuencia de otros países y Compartido con rastreadores de enfermedades globales a lo largo de la epidemia.

“La vigilancia genómica es poderosa”, dijo Kelly Wroblosky, directora de enfermedades infecciosas de la Asociación de Laboratorios de Salud Pública.

Contribuyen a este esfuerzo aproximadamente 70 laboratorios de salud pública estatales y locales, que organizan entre 15.000 y 20.000 muestras cada semana. Otros laboratorios, incluidos los operados por los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades y sus contratistas, elevan el total a 40.000 a 80.000 por semana.

Hace nueve meses, se analizaron unas 12.000 muestras cada semana de esta forma.

“Estamos en un lugar mucho mejor que hace un año o incluso seis o nueve meses”, dijo Kenny Beckman de la Universidad de Minnesota, quien acredita la distribución de dólares federales a laboratorios públicos y privados. Dirige el laboratorio de genómica de la universidad, que ahora organiza alrededor de 1.000 muestras a la semana de estados como Minnesota, Arkansas y Dakota del Sur. Hace un año, el laboratorio no hizo una secuencia.

Sobre la base de $ 1.7 mil millones en el proyecto de ley de alivio del coronavirus del presidente Joe Biden, Estados Unidos está trabajando para crear una red nacional para rastrear mejor los picos de coronavirus.

Sin embargo, el Dr. William Moss, de la Facultad de Salud Pública Bloomberg de Johns Hopkins, dijo que alrededor de dos docenas de países tienen una mayor proporción de muestras positivas que Estados Unidos. La aparición de Omicron podría “incentivar a Estados Unidos a hacerlo mejor”.

“Creo que todavía tenemos un largo camino por recorrer”, dijo Moss.

algunos paises está serializado El Dr. Phil Vibo, director médico de Illumina, una empresa con sede en San Diego que desarrolla tecnologías de secuenciación genética, señaló que solo alrededor del 1% de las muestras, mientras que otras están en el rango del 20%.

“Podemos ser más sistemáticos sobre esto y más consistentes, por lo que nos aseguramos de que no haya desiertos de monitoreo genético donde podríamos perdernos la aparición de una variante”, dijo Vibo.

Con la ayuda de los esfuerzos de monitoreo, las pruebas de PCR estándar que utilizan hisopos nasales enviados a los laboratorios pueden detectar una señal de que alguien puede tener una variante omicron. Si la prueba de PCR es positiva para solo dos de los tres genes diana, el llamado resultado de la prueba de fuga S, es un signo del omicron incluso antes del paso adicional de secuenciación genética para probarlo.

Es una suerte “, dijo Trevor Bedford, biólogo y genetista del Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson. “Si necesita serializar la selección de variables, siempre será un poco tarde y será más costoso. Si solo confía en este S-dropout como selección, será más fácil”.

Dijo que otras variables también provocaron este sesgo en los resultados de la prueba de PCR, pero no la variable delta. Con Delta dominando los EE. UU. En este momento, dijo Bedford, se notará la deserción S. (Bedford recibe fondos del Instituto Médico Howard Hughes, que también apoya al Departamento de Salud y Ciencia de Associated Press).

El Dr. Anthony Fauci, el principal experto en enfermedades infecciosas del país, dijo que “no había forma” de que O’Micron pudiera llegar a Estados Unidos.

Varios expertos dijeron que es probable que ya esté aquí y que pronto lo detecte el sistema de monitoreo. Pero la pregunta es ¿qué sigue?

“No tenemos los tipos de restricciones de viaje interestatales que harían posible contener el virus en cualquier lugar”, señaló el investigador del SIDA de la Universidad de Wisconsin, David O’Connor.

En cambio, el monitoreo genético les dirá a los funcionarios si el omicron se está propagando a una velocidad inusual en un lugar y si se deben enviar más recursos a esos lugares, dijo.

Cuando aparezca Omicron, las autoridades de salud pública deberán considerar otras variables en los esfuerzos de selección, como el nivel de infección ya presente en esa comunidad y la tasa de vacunación. Los brotes graves en áreas altamente fortificadas serían particularmente preocupantes.

Sin embargo, Beckman de la Universidad de Minnesota ve pocas ventajas en condensar la secuencia de manera significativa.

“No necesito secuenciar más de un pequeño porcentaje de los casos positivos para tener una idea de qué tan rápido están creciendo”, dijo.

A diferencia de otros países, los funcionarios del gobierno de EE. UU. No han ejercido el poder de obligar a las personas a ponerse en cuarentena si dan positivo por variantes preocupantes. Dado esto, la secuenciación es principalmente una herramienta de monitoreo para rastrear la propagación de mutaciones.

“Creo que es importante rastrear las variables, pero no creo que sea práctico pensar que seremos capaces de secuenciar rápidamente y en una escala lo suficientemente grande como para detener una variable en su camino”, dijo Beckman.

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Contribuyeron los escritores de Associated Press Laurent Niergaard, Matthew Perrone y Ricardo Alonso Zaldivar.

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El Departamento de Salud y Ciencia de Associated Press recibe el apoyo de la División de Educación Científica del Instituto Médico Howard Hughes. AP es el único responsable de todo el contenido.